O Ministério da Saúde do Brasil enfrenta uma situação preocupante, com a perda de pelo menos 58 milhões de vacinas contra a Covid-19 desde 2021. Esse número representa um prejuízo estimado em cerca de R$ 2 bilhões, uma quantia significativa que poderia ter sido utilizada para fortalecer a campanha de vacinação. Para mitigar parte desse impacto, o ministério conseguiu trocar 4,2 milhões de doses da vacina Moderna, avaliadas em aproximadamente R$ 240 milhões. As informações sobre as vacinas perdidas apresentam discrepâncias entre os dados do governo federal e os relatórios das secretarias de saúde estaduais e municipais. O Ministério da Saúde alega ter distribuído cerca de 700 milhões de doses, mas essa informação não é atualizada há mais de um ano. Em contrapartida, o governo de São Paulo informa que aplicou 144 milhões de vacinas, enquanto o ministério contabiliza apenas 131 milhões.
Durante a gestão de Jair Bolsonaro, mais de 70% das vacinas que acabaram vencendo no estoque eram da AstraZeneca/Fiocruz. O Tribunal de Contas da União (TCU) revelou que, em setembro de 2022, aproximadamente 54,2 milhões de vacinas estavam fora do prazo de validade nos estados e municípios, totalizando um valor em torno de R$ 2,1 bilhões. O TCU também apontou falhas nos dados e recomendou que o ministério realizasse uma investigação mais detalhada sobre as vacinas perdidas. Informações sobre o estoque de vacinas do ministério foram mantidas em sigilo por decisões de administrações anteriores. Em 2023, foi divulgado que cerca de 40 milhões de vacinas contra a covid-19 estavam perdidas. O ministério atribui essas perdas a uma série de fatores, que incluem a atualização dos modelos de imunizantes e dificuldades logísticas relacionadas ao armazenamento adequado das vacinas.
